台北國稅局表示，依「網路交易課徵營業稅及所得稅規範」規定，外國營利事業利用網路提供線上廣告給我國境內營利事業或個人，所收取的報酬屬於稅法規定的境內來源所得，若外國營利事業在我國境內無固定營業場所及營業代理人，則我國企業給付外國營利事業報酬時，應依規定辦理扣繳及向所轄稽徵機關辦理扣繳憑單申報。

舉例說明，台灣某公司透過某國外社群網站刊登廣告，並支付廣告費用新台幣 10 萬元，由於該社群網站在台灣無固定營業場所及營業代理人，台灣公司支付廣告費用時，應扣繳 20% 稅款，即 2 萬元，並於代扣稅額當日起 10 天內繳清。

不過，像 Facebook、Agoda 等在台灣已有辦理營業登記的跨境電商，106年起可適用跨境電商課稅新制，除可採核實計算所得額並繳稅外，也可向國稅局申請按營業項目適用同業利潤標準淨利率計算所得，或按平台服務電子勞務業別，依淨利率30%計算所得額，再根據台灣的「利潤貢獻度」，計算應稅所得。

例如，台灣企業付給 Facebook 新台幣 1 萬元在國內刊登廣告，屬我國境內所得，可依規定辦理適用淨利率30%，利潤貢獻度為100%（因為只在國內刊登），則 1 萬元中的 3,000 元屬應稅所得（1萬元x30%x100%=3000元），乘以境外企業扣繳率 20% 後，Facebook 此筆交易要繳 600 元的所得稅，比起原本就源扣繳 2,000 元稅款，還少了 1,400元。

對跨境電商來說，所得稅新制其實比就源扣繳更加優惠。而新制回溯至106年適用，呼籲跨境電商儘速申請，今年5月就能以新制申報營所稅；至於去年已經就源扣繳 20% 的部分，也可以申請退稅。