本局表示，扣繳單位採用網際網路申報扣繳憑單資料 ，應詳實核對申報書內容與建檔資料是否一致再行傳輸，以確保資料正確，倘未依規定辦理網路申報上傳資料，致有短報或漏報情事，仍應依所得稅法相關規定予以處罰。

本局舉例說明，轄內甲公司105年度給付薪資所得合計30,000,000元，已扣繳稅款120,000元，惟未依限於106年1月31日(逢春節假日  ，順延至2月6日)前申報扣繳憑單，遲至106年3月2日始自動補報，嗣經本局處罰。甲公司負責人不服，主張已依規定於給付時扣繳稅款，並於106年1月23日採網際網路申報上傳薪資所得資料，惟因嗣後上傳租賃所得扣繳資料時，未留意而覆蓋前次已申報之薪資所得扣繳資料，請免予處罰云云，申請復查 。案經本局以扣繳單位第1次上傳成功時，網頁已顯示提醒警語，惟第2次上傳申報時，未詳予檢視及核對，致前次申報資料遭後申報資料覆蓋，造成漏報系爭扣繳憑單，核有過失，自應論罰為由，全案業經復查駁回確定。

本局特別提醒，扣繳義務人採網際網路申報扣繳憑單資料時，應依序執行申報資料檔及資料審核處理等步驟，經審核無誤後再行傳輸，倘曾經上傳成功，於第2次上傳申報時應注意申報資料之完整性，避免因後申報資料覆蓋前次申報資料，致短報或漏報所得而遭受處罰。