扣繳義務人已依規定扣繳稅款，但是未依規定在期限內按實填報扣繳憑單或填發扣繳憑單，除依國稅局規定期限內要按實補報或填發扣繳憑單外，還要按照扣繳稅額處20%的罰鍰，但最高不得超過新臺幣20,000元，最低不得少於新臺幣1,500元。但扣繳義務人若已逾期自動申報或填發扣繳憑單的話可以減半處罰，即按扣繳稅額處10%的罰鍰。另外扣繳義務人如經國稅局通知限期補報或填發扣繳憑單，仍然未在期限內補報或填發的話，則按扣繳稅額處3倍以下的罰鍰，但最高不得超過新臺幣45,000元，最低不得少於新臺幣3,000元。另扣繳義務人符合下列情形之一者，可減輕或免予處罰：

1.已經自動補報或填發扣繳憑單，而扣繳稅額在新臺幣6,000元以下者，免予處罰。

2.在填報或填發扣繳憑單期限屆滿後10天內，已自動補報或填發扣繳憑單，且補報或填發的給付總額沒有超過應填報或填發的扣繳暨免扣繳憑單給付總額30%者，免予處罰。

3.已依國稅局通知期限內補報或填發扣繳憑單，且扣繳稅額在新臺幣4,000元以下者，免予處罰。

4.非中華民國境內居住之個人，或在中華民國境內無固定營業場所之營利事業，有所得稅法第88條第1項規定之各類所得時，扣繳義務人如未於代扣稅款之日起10日內申報扣繳憑單，而於次年1月31日以前已自動申報，或次年1月遇連續3日以上國定假日，於2月5日以前已自動申報者，按應扣繳稅額處5%之罰鍰。

5.營利事業解散、廢止、合併或轉讓，或機關、團體裁撤、變更時，扣繳義務人如未於10日內申報扣繳憑單，而於次年1月31日前已自動申報，或次年1月遇連續3日以上國定假日，於2月5日前已自動申報者，按應扣繳稅額處5%之罰鍰。